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艾达离开西蒙斯之后，西蒙斯仍对她念念不忘，竟然兴起了利用艾达的基因和c病毒克隆艾达的想法。
经过无数次失败的之后，西蒙斯的主意打到了深爱着他的研究员卡拉的身上，结果因为基因高度匹配，这次复制成功了，卡拉也成了新的“艾达”。
然而无辜受难的卡拉便产生了对西蒙斯和艾达的深深的憎恨，心中悄悄生起了复仇的计划。
身为美国国家安全顾问的西蒙斯其实是神秘组织“家族”的一员，该组织致力于维持他们所建立的西方世界的系统的稳定来为成员谋利。
卡拉憎恨着西蒙斯，便想通过破坏家族构建的世界来实现报复计划。她的复仇悄悄开始了
故事叙述继《生化危机5惩罚》3个星期后，唯一的幸存者艾莉丝遭威斯克背叛导致全军覆没。
幸存的她遇见人形智能电脑“红后”得知保护伞公司研发了一种能解开一切病毒的解药。
但必须在48小时回到恶梦开端的拉昆市，在那里保护伞公司正在集结军队打算给予幸存的反抗者们致命一击。
失去超能力的艾莉丝与老友克莱儿等人联手，来对抗其僵尸与新的变种怪物，以守护仅存的希望、拯救人类。
正获得解药之际，艾莉丝终于解开自己的身份。