支付宝上的12306跟铁路12306官网是一样的，支付宝上只是小程序，铁路12306，跟你下载的铁路12366性质是一样的，可以在上面购票改签，退票，一系列操作都是可以的。我们也可以通过支付宝的铁路12306购票，也可以通过自己下载铁路12306APP进行购票。
直接购票和通过第三方购票的区别，另外下单确认的速度有快慢区别。
12306支持用支付宝订票，支付宝可以买火车票，这是铁路系统首次支持的第三方支付购票服务。
12306订票有很多支付方式，有银联支付，也有支付宝支付，不过支付宝支付比较快捷点，用户只需点击“支付宝”付款，输入支付宝账户和支付密码，就可通过支付宝完成付款。
最大的区别是铁路12306是唯一经授权发售火车票的系统，旅客需要办理改签或退票均可以直接网上办理，而支付宝12306不可以。
12306是铁路集团公司自行研发推广，经授权唯一合法发售火车票的软件。其他任何软件推出购票服务，都是通过帮助旅客购买车票，来增加网站流量。
12306app与支付宝里面的12306小程序的基本功能都是一样的，支付宝里面的12306小程序在点击后就直接连接了铁路总公司开发的12306铁路售票系统。通过铁路售票系统，我们可以进行火车票的购买，改签以及退票等。个人建议还是使用从铁路部门官网直接下载的12306手机app进行车票的订购。
几乎没有什么区别，个人认为支付宝上的12306更方便，而且不需要单独下载一个12306的app。