不是哪个好的问题，食品经营许可证和小作坊证是两类不同类型的经济主体，食品经营许可证是用于餐饮服务和食品成品和食品原料批发零售的经营许可，而小作坊证是小型食品生产加工的许可，比如打年糕做豆腐等等，就必须取得小作坊证，所以不是哪个好，是哪个适合！
食品经营许可证和小作坊证是有不同的作用，没有那个好那个不好的关系。食品经营许可证是经营食品行业的食品卫生许可；小作坊证是容许其经营的营业执照。
食品经营许可证是属于从事食品零售取得的，小作坊许可证属于生产经营活动
小餐饮是指经营面积压50平方米以下的从事较小规模的餐饮经营活动，一般要办理小餐饮登记证，但要先办理营业执照。条件较好符合办理食品经营许可证条件也可以办理食品经营许可证。小餐饮登记不能进行网络销售，取得食品经营许可证的餐饮店可以申请网络经营活动。
需要办理工商营业执照和税务登记证以及食品流通许可证。
营业执照是企业或组织合法经营权的凭证。《营业执照》的登记事项为：名称、地址、负责人、资金数额、经济成分、经营范围、经营方式、从业人数、经营期限等。营业执照分正本和副本，二者具有相同的法律效力。正本应当置于公司住所或营业场所的醒目位置，营业执照不得伪造、涂改、出租、出借、转让。税务登记证，是从事生产、经营的纳税人向生产、经营地或者纳税义务发生地的主管税务机关申报办理税务登记时，所颁发的登记凭证。除按照规定不需要发给税务登记证件的外，纳税人办理开立银行账户、申请减税、免税、退税等事项时，必须持税务登记证件。纳税人应将税务登记证件正本在其生产、经营场所或者办公场所公开悬挂，接受税务机关检查。食品流通许可证，是对食品流通许可证的发放、发放条件、发放程序以及与食品卫生许可证的衔接等问题予以明确。对食品经营者必须坚持先证后照，未取得前置审批文件，不得办理注册登记手续。